Одна из версий происхождения коктейля гласит, что появился он около 5 веков назад, благодаря пирату Фрэнсису Дрейку, который с помощью похожего на мохито напитка (впоследствии его назвали Эль Драк) лечил свою команду от цинги. Он отличался от мохито тем, что вместо белого рома, который тогда еще просто-напросто не изобрели, в него добавляли забродивший сок из сахарного тростника. Также есть версия, что мята и лайм в напитке были предназначены не для того, чтобы оказывать целебное воздействие, а для того, чтобы перебить вкус плохого алкоголя.

Считается, что Эль Драк превратился в мохито, каким мы его знаем сейчас, в гаванском баре La Bodeguita del Medio, куда часто захаживал Эрнест Хемингуэй. Есть предположение, что своей популярностью напиток обязан именно писателю, который часто его заказывал. В баре даже хранится автограф Хемингуэя в виде надписи на салфетке: «Мой мохито в La Bodeguita, мой дайкири — в El Floredita». Впрочем, не все исследователи признают истинность этой легенды.

Вторым человеком (точнее, персонажем), который способствовал распространению мохито, стал Джеймс Бонд. В фильме «Умри, но не сейчас» агент 007 отдал предпочтение этому напитку вместо привычного мартини, что привлекло к коктейлю внимание зрителей.

Сейчас мохито входит в список официальных коктейлей Международной ассоциации барменов. В классическом рецепте всего 5 ингредиентов: белый ром, мята, лайм, сахар и газированная вода.